Rédiger la thèse avec Zettlr

 

Depuis janvier, ça y est, je suis passée en mode rédaction de la thèse. Grande étape tout court, moment crucial aussi par rapport à l’organisation de mon travail — et notamment par rapport à la question de mon outil de travail. Je travaille avec Ubuntu (plutôt qu’avec Windows ou Mac) ; au début de la thèse, j’ai fait ce choix sans trop savoir ce qu’il allait impliquer exactement — est-ce que j’aurais les fichiers au bon format ? est-ce que les relectures et renvois de fichiers, d’un·e collègue à un·e autre, allaient se faire sans encombre ? est-ce que les formats disponibles sous Ubuntu étaient appropriés pour un travail aussi long et lourd que la thèse ?

Comme je le disais à la fin de l’article où j’explique ces hésitations, j’ai eu quelques déconvenues : d’un côté, je me suis vraiment attachée au fonctionnement sous Ubuntu et je n’ai plus du tout envie de repasser à Windows, de l’autre je suis forcée de constater que LibreOffice Writer, que j’utilisais pour remplacer Word, a des défaillances vraiment rédhibitoires pour la rédaction de gros fichiers de thèse. Les feuilles de style créent des bugs, les révisions de texte sont mal traduites d’un ordinateur à l’autre, bref : pour un article ça passe, pour une thèse non. J’ai eu peur de devoir laisser tomber Ubuntu ; et puis, finalement, non ! Je me suis enfin penchée sur ce logiciel libre dont j’entendais parler sur Twitter depuis à peu près un an, Zettlr, et il est devenu mon outil de rédaction principal : quelques explications donc.

[Update février 2023] Ça, c’est ma problématique perso. Mais plus j’avance dans l’usage de Zettlr, plus je pense qu’il est vraiment une option à considérer pour tout le monde, rien à voir en fait avec utilisation ou pas d’Ubuntu. Dans l’absolu, Zettlr a des vrais avantages pour la rédaction : fluidité de l’écriture, structuration argumentative du texte, stylages, gestion des bibliographies, indexations… Il faut partir de l’idée qu’il y aura quelques bidouilles informatiques à prévoir, mais elles restent de l’ordre du raisonnable, ça vaut le coup.

Plan de l’article :

• Présentation générale
• Quelques usages
  • Les commentaires
  • Les notes de bas de page
  • Disposer deux fichiers face à face
  • Zettlr et Zotero

 

Présentation générale

Zettlr est un logiciel de traitement de texte léger, dont le grand mérite est de permettre à l’utilisateur·ice d’écrire et de mettre en forme son texte avec des commandes très simples, grâce au code Markdown. L’idée est de permettre à l’utilisateur·ice de structurer son texte, sans que cela parasite sa réflexion avec des considérations graphiques inutiles au moment de la rédaction.

Le logiciel contient ainsi une seule longue page, qu’on allonge au fur et à mesure : ce qu’on voit à l’écran ne correspond pas à ce que l’on verra dans le fichier .odt, .doc ou .pdf final, mais donne à lire le texte brut avec le minimum de mise en page demandé. Les balises sont simples et automatiquement traduites visuellement. On inscrit par exemple :

• Les titres : “# Titre de niveau 1”, “## Titre de niveau 2”, etc.
• Les citations : “> La citation”
• Les gras : “**Le texte en gras**”
• Les italiques : “_Le texte en italique_”
• Les notes de bas de page : “Le texte[^note] [^note]: La note”
• Les commentaires dont on a besoin au moment de rédiger : “<!– Commentaire pour me souvenir de réécrire ce passage –>”

Comme on le voit dans cette capture d’écran que j’ai prise de mon fichier d’introduction, le titre de niveau 3, défini par “###”, s’est automatiquement affiché en blanc, en gras, en gros. La citation, définie par “>” s’est automatiquement placée vers la droite, dans une couleur différente de celle du corps de texte principal.

J’ai choisi un affichage nuit pour mon propre logiciel, mais d’autres thèmes sont possibles, et le code css du logiciel est modifiable : chacun·e peut adapter les couleurs selon ses envies.

Quels avantages par rapport à un éditeur classique, comme LibreOffice Writer ou Word par exemple ? J’en vois, personnellement, plusieurs :

• Le plus important : on voit ce qu’on fait. Le texte affiche clairement où j’ai commencé et où j’ai terminé un italique, quel niveau j’ai voulu donner à mon titre. Un logiciel comme LibreOffice ou Word ne permet pas cela : en gros, ça marche toujours à peu près, mais à votre insu il se peut que vous ayez ouvert des balises italique ou gras à des endroits inopinés ; par exemple, entre deux mots. Ça n’apparaît pas à l’écran, et pourtant c’est gênant, car ça pollue votre code : si vous changez la mise en forme globale de votre texte par exemple, ou si vous le copiez-collez ailleurs, il se peut que ce bout de code invisible et parasite crée un bug (c’est ce qui m’arrivait sans cesse sur LibreOffice). Avec ce mode d’édition, votre texte est propre : les balises sont à leur place, aucune n’est là pour rien — ensuite, exporter ou copier le texte ailleurs se fait sans encombre.
• La tranquillité. Je sais que je ne suis pas la seule à être névrosée par les mises en forme et typos diverses, certain·es se reconnaîtront : moi, j’ai du mal à écrire dans un fichier texte sans retoucher en permanence la mise en page pour qu’elle soit parfaitement jolie — que les phrases s’arrêtent au bon endroit, que le paragraphe se découpe correctement (à mes yeux) entre deux pages, etc. Au moment de procrastiner la rédaction, je me mets à fébrilement modifier les mises en page et à faire des tests au lieu d’écrire ; ou alors, j’angoisse en comptant le nombre des pages. La plupart du temps, ça n’a pas de sens : on n’a pas besoin de bidouiller la mise en forme des en-têtes ou des numéros de page quand on n’a pas encore écrit le dixième de sa thèse. Zettlr permet de débarrasser la personne qui rédige de ces préoccupations parasites : de toute façon, ce qui s’affiche ne correspond pas à la présentation graphique finale.
• Le partage et la mise en forme. Une fois le fichier terminé, Zettlr permet d’exporter le texte en différents formats : .odt, .doc, .pdf, mais aussi .html par exemple — autrement dit, alors qu’il est très difficile de copier coller un texte depuis word vers une page web par exemple (parce que des instructions de code parasites seront embarquées avec le texte), ou depuis .pdf vers un .doc, Zettlr propose de traduire le texte structuré vers les langages d’autres logiciels. À l’avance, on a préparé des feuilles de style pour qu’il sache comment faire exactement — par exemple à partir d’un modèle imposé par l’université : apparaîtront alors les numéros de page, en-têtes et autres styles que nous souhaitons pour la mise en page finale de notre texte.

Comme les autres logiciels de traitement de texte, Zettlr permet d’afficher le plan du texte à mesure qu’il évolue pendant la rédaction ; cela permet de naviguer facilement dans le fichier et de repérer facilement où l’on en est de la rédaction.

***

Zettlr est donc une bonne alternative à d’autres logiciels de traitement de texte. Personnellement, j’y recours parce que je n’aime pas utiliser Word et que LibreOffice gère mal mes styles sur les gros fichiers. Zettlr à d’autres inconvénients, j’y reviens plus bas — mais c’est pour le moment ce que je préfère.

Voilà pour la présentation très générale — il manque bien sûr des choses et je renvoie à la documentation de Zettlr pour ça. J’aimerais maintenant présenter simplement quelques usages personnels.

 

Quelques usages

Cette semaine, j’ai rendu mon premier gros bloc de rédaction à ma directrice : j’ai rédigé mon introduction sur Zettlr, elle fait environ 70 pages¹, donc j’ai pu constater les avantages et inconvénients de Zettlr sur des problématiques typiques de la rédaction de thèse.

Mon premier constat, on m’avait prévenue, c’est qu’avec un texte aussi long Zettlr finit par ramer un peu. Rien de vraiment très contraignant, et ça s’améliore quelques minutes après l’ouverture du fichier ; mais c’est vrai que c’est un peu moins fluide parfois que sur d’autres logiciels de traitement de texte.

 

Les commentaires

Un élément que je trouve très pratique, les commentaires. Comme en code html, on les délimite dans le texte par une balise simple : “<!– Commentaire –>” ; ils apparaissent alors en gras dans Zettlr, ce qui permet de les repérer très vite à relecture pour retravailler le texte ; mais, comme ils sont bien des commentaires, ils n’apparaissent pas dans le fichier une fois exporté. C’est un vrai plus de Zettlr par rapport à Writer ou Word à mon sens, car cela me permet d’utiliser le même fichier pour mon usage personnel et pour me faire relire : moi je vois, côté Zettlr, un “<!– vérifier –>”, tandis que ma directrice… ne verra rien et passera outre sans s’en rendre compte. Un exemple graphique, ce sera plus clair :

1. Ce que, moi, je vois dans mon fichier de rédaction : je me suis mis des alertes pour penser à vérifier des infos, et je me suis noté pour plus tard de développer un petit passage.

2. Mais j’avais quand même besoin d’envoyer une première version à ma directrice : imparfaite mais suffisamment satisfaisante pour demander une relecture. Le même fichier exactement, une fois exporté sur Writer, ne laisse plus apparaître les commentaires :

Très pratique pour travailler en même temps sur plusieurs versions d’un même texte, et pour gérer les différents niveaux d’écriture.

[Update février 2023] Vers la fin de ma rédaction je confirme, pour les raisons mentionnées ci-dessus c’est vraiment très utile de pouvoir recourir aux commentaires. J’ajoute un usage auquel je me plie sur la fin alors que je dois réagencer un certain nombre de choses dans mes chapitres : l’utilisation des commentaires comme éléments de balisage sémantique dans le texte, pour s’y retrouver en lecture rapide, et pour facilier l’ordonnancement logique de l’ensemble. J’utilise des balises “Arg” et “Ex” pour me retrouver dans mes fils argumentatifs.

Je les laisse dans le texte, peu importe quels envois je fais à ma DT qui ne les voit pas, elles m’aident à pouvoir facilement manipuler et échanger les paragraphes, et à pouvoir plus facilement qu’avant voir où je peux couper par exemple (c’est presque bête, mais je vois mieux que j’abuse en termes de longueur ou de catalogue, quand j’ai un “Ex7” qui s’affiche, que quand je relis mon paragraphe dans sa globalité). Je pense aussi que cela sera très utile pour le moment venu de transformer la thèse en essai.

 

Les notes de bas de page

C’est sur les notes de bas de page que j’ai mis un peu de temps à m’installer dans un usage — je trouve que c’est un des éléments les moins satisfaisants de Zettlr. Le fonctionnement est plutôt simple pour établir une note de bas de page : d’abord, on appelle la note en inscrivant “[^texte]” (au moment de l’export, cette balise sera traduite par un numéro cohérent avec le reste du fichier) ; ensuite, on définit le corps de cette note, n’importe où ailleurs dans le fichier (sous le paragraphe, en début de fichier, en fin de fichier, peu importe), en écrivant “[^texte]: Le corps de la note.” Zettlr permet ensuite, lorsque la souris survole l’appel de note dans le corps de texte, de lire en aperçu son contenu, qui s’affiche dans une bulle (exactement comme les notes de bas de page sur Hypothèses par exemple²) ; on peut même modifier la note à partir de là. Bon. Ce que je ne trouve pas très pratique :

• Une fois qu’on a créé l’appel de note, il faut penser à aller l’écrire quelque part (alors que sur Writer ou Word, on est directement amené·e à rédiger la note en question).
• On nomme soi-même les notes, donc à chaque fois il faut réfléchir un peu (alors que Writer ou Word attribuent un numéro automatique).
• L’appel et note et la note sont éloignés dans le fichier : c’est pénible de scroller.
• Il n’y a pas de vérification des doublons : on peut écrire deux fois le même appel de note (ex. “[^refBeauvoir]” à deux endroits du texte) sans s’en rendre compte.
• Supprimer un appel ne supprime pas la note, ni réciproquement : ça peut faire des bouts de texte perdus dans le fichier.

En dépit de ces inconvénients, l’ensemble marche assez bien. Au début, j’ai numéroté mes notes (“[^1]”, “[^2]”, [^87]”…) ; je me suis aperçu à l’usage que c’était contre-productif, car puisque les notes sont éloignées de l’appel de notes dans le fichier, quand on se retrouve au milieu des “1”, “2”, “87” qui ne racontent rien à la fin du fichier, on ne sait plus du tout ce qu’on avait voulu écrire et à quoi la note est censée renvoyer. J’ai donc finalement opté pour un autre système : je nomme mes notes (“[^sartrelitterature]”, “[^bouju2005]”, “[^EG387]”), ainsi quand je les retrouve au bas du fichier je sais ce que je dois référencer (“Sartre, Qu’est-ce que la littérature” ; “Bouju, L’Engagement littéraire, 2005″ ; “Louky Bersianik, L’Euguélionne, p. 387″)³.

Quelques exemples pour se figurer le fonctionnement :

1. L’appel de note dans Zettlr : “[^desengagement]” et “[^contreengagement]”.

2. Le corps de la note dans Zettlr : je demande à ce que soient affichées les références des ouvrages de Denis, Laurent et Forrest, à partir des références Zotero que j’ai fournies à Zettlr.

3. L’appel de note dans le fichier une fois qu’il a été exporté dans LibreOffice Writer : “[^desengagement]” est devenu automatiquement “5”, “[^contreengagement]” est devenu “6”.

4. Le corps de la note dans le fichier exporté.

 

Disposer deux fichiers face à face

À propos des notes de bas de page toujours, j’ai remarqué à la longue un petit souci qui m’a fait développer un autre usage. À partir du moment où je complète mes notes avec des références tirées de ma bibliothèque Zotero (qui fonctionnent comme des liens donc, et pas comme du texte simple), ça fait sauter l’affichage de Zettlr (ça monte, ça descend, bref ça saute). C’est un bug — il ne faut pas oublier que Zettlr est encore tout jeune et encore en plein développement –, j’imagine que ça sera réglé un jour.

En attendant du coup, j’ai décidé de travailler avec deux fichiers séparés : d’un côté mon texte, au format markdown lu par Zettlr (.md), de l’autre mon fichier de notes de bas de page, au format .txt. Comme ils sont séparés, je n’ai plus le problème de l’écran qui saute ; en outre, je peux afficher côte à côte mes deux fichiers sur mon écran : à gauche, Zettlr et mon texte, à droite, mes notes dans un logiciel de bloc-notes⁴. Ça permet de pallier un léger défaut de Zettlr, qui ne permet pas autrement d’afficher côte à côte différentes fenêtres.

Quand j’exporte mon fichier, je copie au dernier moment l’ensemble des notes dans le fichier principal. [Update février 2023] : plus maintenant. Je passe par une commande Pandoc externe à Zettlr, qui s’occupe toute seule de combinet mes fichiers de texte et de notes.

 

Zettlr et Zotero

Zettlr fonctionne ainsi avec Zotero, mais il y a des bugs (pour le moment !). D’abord il faut savoir que Zettlr fonctionne avec Pandoc (qui s’occupe de convertir différents langages d’édition), LaTeX et Zotero ; pour pouvoir utiliser Zotero avec Zettlr, il faut installer l’extension BetterBibTex dans Zotero, qui permet de créer un fichier texte d’exportation de votre base de données Zotero et de la mettre à jour automatiquement par la suite (c’est donc une manip à faire au début de l’utilisation de Zettlr, mais ensuite on n’a plus besoin d’y toucher).

Dans les paramètres de Zettlr, vous indiquez où le logiciel pourra trouver la bibliothèque, et le style que vous voudriez qu’il applique : ici, je lui indique d’aller chercher le fichier “engagees.bib” qui correspond à ma bibliothèque Zotero, puis je lui demande d’aller voir le fichier CSL de mise en forme de la bibliographie, inspiré de celui de l’ENS Lyon, que j’ai nommé en l’occurrence “ens-aurore2.csl”.

Ensuite, quand je veux noter une référence dans Zettlr, c’est facile : je tape par exemple “@wittig” et toutes mes entrées bibliographiques liées à Wittig apparaissent dans une liste, je choisis celle qu’il me faut, ajoute le numéro de page par exemple — à l’exportation, Zettlr est ensuite censé gérer l’affichage complet de la référence, ainsi que les “ibid.” et autre “op. cit.” (et moi je suis censée n’avoir pas du tout besoin de m’en préoccuper). Voilà ce que ça donne par exemple :

1. Je demande une référence aux livres de Rochefort, Bersianik et d’Eaubonne, en ajoutant numéro de page et textes que je veux.

2. Le texte exporté a tout traduit, en allant chercher les références dans la base Zotero.

On remarque toutefois que la mise en forme n’est pas parfaite : là, l’export a ajouté des majuscules partout par exemple ; il arrive aussi que j’aie des “vol.” qui apparaissent aléatoirement. Pour le moment en fait j’ai un souci d’exportation : quand je laisse Zettlr faire les choses à sa manière, mon ordinateur plante en boucle à cause d’un processus Pandoc qu’il n’arrive pas à achever ; du coup, j’ai désactivé une partie du processus Zettlr (cf. l’image plus haut, j’ai décoché “utiliser le Pandoc interne” et j’ai donné mes propres paramètres), ce qui me permet de compiler mais avec ces problèmes de mise en forme.

[Edit pour ça : il y avait un paramétrage de casse dans les préférences de BibLaTeX pour régler ce problème des majuscules, deux cases à décocher. C’est réglé maintenant]

Rien de dramatique voilà, c’est toujours du temps gagné par rapport au cas où on écrirait toutes ces références à la main : il suffit de corriger la mise en forme. En outre, c’est un bug temporaire de Zettlr — j’imagine –, puisque Zettlr est toujours en cours de développement. Très possible que ce problème qui arrive sur Ubuntu n’arrive pas sur Windows, c’est Pandoc qui plante chez moi.

***

Voilà ! Rien de parfait encore, mais aucun logiciel n’est parfait : Word tourne sous Windows (🙅), LibreOffice Writer fait bugger la mise ne page de mes gros fichiers, Zettlr fait bugger la mise en page des notes de bas de page. Tout ça pris ensemble, je préfère encore travailler sereinement sur Zettlr, et m’occuper des petites histoires de mise en page des notes une fois que tout le reste est bien en place. Et puis, c’est un logiciel qui se construit petit à petit, de correction de bug en correction de bug, d’amélioration de détail en amélioration de détail : je suis les évolutions dans la doc et sur Twitter, c’est l’occasion d’échanger entre jeunes chercheur·ses sur nos pratiques… j’aime bien 🌱

 

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Update 27 janvier 2023 :

Il semble que la version Windows de Zettlr soit globalement plus stable que celle de Ubuntu, pour celles et ceux qui voudraient tester, a priori ça se passe comme sur des roulettes. De mon côté sur Ubuntu j’ai fini par comprendre d’où venait le problème de mes exports de références bibliographiques, il y a quelques mois : Pandoc gérait mal mon fichier .bib (BibTex), exporté depuis Zotero. J’ai donc changé la référence pour un .json (Better CSL Json), depuis plus aucun problème, ce qui sort en format traitement de texte correspond bien au code CSL (style) que j’utilise dans Zotero.

Une autre fonctionnalité de Zettlr que j’utilise beaucoup en rédaction : les listes à cocher. Pratique pour le cas d’une section dont je dois vérifier l’équilibre des citations : comme il est important que je ne privilégie pas trop certaines autrices par rapport à d’autres, et comme il faut que je pense en même temps à une dizaine d’entre elles, utile de pouvoir vérifier où j’en suis au fur et à mesure, pour pouvoir combler les trous. Cf. photo ci-contre :

Update 25 février 2023 : utiliser Zettlr m’a aussi permis, ce que je n’avais pas anticipé au départ, de pouvoir utiliser Git comme logiciel de gestion de versions (ce qui n’est pas possible avec Word ou LibreOffice). J’ai rédigé un billet ici pour en parler.

 

 

Notes :

 

1. Pas de commentaire ; j’ai conscience qu’il faudra tout couper… [↩]
2. Comme ça, voilà. [↩]
3. Update mai 2023 : fonction utile pour pouvoir, à partir d’un fichier rédigé, extraire uniquement les balise de notes de bas de page, ou uniquement le fil argumentatif : rechercher-remplacer avec des regex de type (?s)(?<=texte1)(.*?)(?=texte2) — cette formule-ci permet de prendre en considération les sauts de ligne. Exemple, pour n’avoir que les argument : chercher (?s)(?<=–>)(.*?)(?=<!–Arg), remplacer par \n ; pour n’avoir que les notes, chercher “(?s)(?<=\])(.*?)(?=\[\^)” et remplacer par “:\n”. Ne pas oublier d’échapper les caractères spéciaux quand nécessaire. [↩]
4. Sachant que de toute façon Zettlr peut aussi ouvrir les fichiers .txt. [↩]

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